微生物是影響水質的主要原因之一，也是GB 5749-2022《生活飲用水衛生標準》中常規指標之一，主要檢測菌落總數、總大腸菌群和大腸埃希氏菌這三個項目。飲用水中微生物超標的主要原因是消毒不到位，如果長期飲用微生物超標的水，會對人們的健康造成不利的影響，輕者會得痢疾、腹瀉等疾病，重者可危及生命。因此，如果微生物超標，就表明飲用水消毒不到位。

水質微生物指標及檢測方法：

菌落總數：平皿計數法

總大腸菌群：多管發酵法、濾膜法、酶底物法

大腸埃希氏菌：多管發酵法、濾膜法、酶底物法

不同水質微生物指標檢測的意義：

1.菌落總數

是指水樣在營養瓊脂培養基上有氧條件下，37°C培養48h，所得的1ml水樣所含菌落的總數。作為一般性污染的指標，即評價被檢樣品的微生物污染程度和安全性。水樣菌落總數越多，說明水被微生物污染程度越嚴重，病原微生物存在的可能性越大，但不能說明污染的來源。

2.總大腸菌群

是指一群在37℃培養24h能使乳糖發酵、產酸產氣、需氧和兼性厭氧的革蘭氏陰性無芽胞桿菌。是評價水質好壞的一個重要衛生指標，也是反映水體被生活污水污染的一項重要微生物監測項目。

3.大腸埃希氏菌

微生物檢測中的大腸埃希氏菌就是常說的大腸桿菌，耐熱大腸菌群主要是由大腸埃希氏菌組成，也包括一些腸桿菌科的其他細菌，如耐熱克雷伯氏菌等。耐熱大腸菌群和大腸桿菌的存在指示水可能受到了人或動物糞便的污染。這些致病微生物（病原體）會導致腹瀉、腹痛、惡心、頭痛或其他癥狀，可對嬰幼兒和免疫系統嚴重受損的人造成一定的健康風險。